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By Andrea Hansen

ISBN-10: 3034876203

ISBN-13: 9783034876209

ISBN-10: 3764365129

ISBN-13: 9783764365127

Locker und leicht verstandlich geschrieben fuhrt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Moglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einfuhrung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschlie?end werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gangigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). a number of Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Baume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erlauterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gangigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im net oder freie software program angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen mussen.

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Für die kurzen Blöcke aus DAC ist dieser Algorithmus nicht zu zeit aufwendig. Vor der Berechnung grenzt das MSA-Programm einen Bereich in der Matrix ein, durch den der Weg führen muß. Dazu wird mit Hilfe des CarilloLipman Algorithmus [Carrillo and Lipman, 1988] die obere und untere Grenze in der Matrix bestimmt, zwischen denen das optimale multiple Alignment liegt. 2 Lokale multiple Alignments Je nach Fragestellung ist ein globales Alignment nicht sinnvoll, z. B. 1). Tauchen die Domänen nicht in etwa an der gleichen Position in allen Sequentlen auf, so wird man sie mit einem globalen multiplen Alignment nicht finden.

14 zeigt, wann ein Gap in welche der Sequenzen eingeführt wird. 15. Im Needleman & Wunsch Algorithmus wird unterschieden zwischen der Einführung eines Gaps (eng!. Gap-open) und der Erweiterung eines Gaps (eng!. Gapextension). Die Differenzierung erlaubt es, die bei den Gaps unterschiedlich zu bewerten. Der Grund dafür ist, dass ein Gap selten in einer Sequenz entsteht. Wenn es aber zu einem Gap kommt, erstreckt er sich meistens über einen längeren Bereich in der Sequenz. Unter Berücksichtigung aller genannten Parameter läßt sich nun der Score eines Alignments wie folgt berechnen [GCG, 2000]: Score = :E Match - (Gap-open Strafpunkt x Anzahl der Gaps) - (Gap-extension Strafpunkt x Gesamtlänge der Gaps) Die Summe der Matche und die Höhe der Strafpunkte für die Gaps sind direkt von der verwendeten Substitutionsmatrix abhängig.

Feng & Doolittle, CLUSTAL w) oder simultan (z. B. DAC) berechnet. Beides sind heuristische Ansätze, da der Zeit aufwand für ein exaktes optimales multiples Alignment zu groß ist. ~ Lokale Alignments suchen nach gemeinsamen Motiven in Form von Mustern. Ausgehend von den Motiven werden die Sequenzen in Blöcke unterteilt, die optimal miteinander alignt werden (ohne Gaps). ~ Für die Interpretation multipler Alignments stehen jede Menge Programme im Internet als Online-Tool oder als Quelleode zur Verfügung (s.

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by Jeff
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